初詣は毎年1月1～3日に行われ、大晦日の23時40分ごろ～翌日0時30分ごろに先着500名様に年越しそばが振舞われます。大晦日の深夜には鐘桜堂にて僧侶による祈念・鐘つきが行われます。その後に参拝客が自由に鐘をつくことができます。

慈尊院は2004年に世界遺産に登録されています。弘仁7年(816年)に弘法大師(空海)が高野山開創に際し、高野山参詣の要所にあたるこの地に表玄関として伽藍を草創るし、一の庶務を司る政所、高野山への宿所、冬期の避寒修行の場所とされました。