旧暦10月10日から17日、出雲大社に集まっていた八百万の神はそれぞれ帰途につきます。道中、万九千神社に立ち寄るのが神在祭です。

万九千神社の例大祭は、八百万の神が出雲の国を去られる日に当たる神等去出（からさで）祭で、神在祭の最終日（旧暦10月26日）に斎行されます。

大変厳かなお祭りで、殿内では静粛と清浄を旨とし、わずかに神職が振る鈴の音だけが響きます。御神前では明年の稲の出来高を占う「御種組」や明年の物事の吉兆を占う「神在みくじ」が行われ、祈願者には限定の梅酒のお神酒などが授けられます。