大正13年に現地住民の手によって建立され、大平山三吉神社のご分霊を祀ったのが土館三吉神社です。
建立されてからは市民の手によって大事にされ、武運長久や身体健康のご利益が得られる秋田県の代表的な神社になりました。

例祭も定期的に開催されていますが、改修の過程で宗教法人の神社にする事が議会で可決されたので、現在では行政が管理する神社になり、例祭の規模も縮小しています。
しかし祈祷所としての存在意義も根強くあるので、例祭期間外に訪れる時にも参拝だけはしていきましょう。