元日の午前零時に三連七鼓二十一打の号鼓が九段の杜に響き、参道に篝火が灯され境内は初詣の準備が整い訪れる参拝者でにぎわいをみせます。

まずはじめに本殿では、境内の井戸から汲み上げられ元日初めての水、若水を供える儀式がとりおこなわれ、つぎに年の初めに国家の安泰と国民の平安を祈る新年祭がとりおこなわれます。

境内では御神酒や甘酒が振舞われ、２０１９年元日ここ２年間見られなかった屋台が５０店舗ほど軒を並べ参拝者で賑わい新年の慶事を演出します。
例年、２０万人ほどの参拝客が新年に訪れ都内でも有数の賑わいを見せます。