春季の例大祭と並び靖国神社の最も重要な祭典で、期間は曜日に関係なく例年１０月１７日～２０日の４日間祭事がとりおこなわれます。

期間中の日程は春の例大祭と構成はあまりかわりはなく、清祓・当日祭・第二日祭・第三日祭・直会の流れでとりおこなわれます。
秋の例大祭のみ霊璽泰安祭がおこなわれます、新規に合祀する祭神の霊璽を泰安する神事のことで当日祭の前夜１０月１７日にとりおこなわれます。

期間中は生花や重陽の節句ともいわれる季節の花である菊花の展示もあります。大輪のいろとりどりの花は優美で華麗さを演出しています。
また能楽堂では伝統の民謡、舞踊、古武道演武などが奉納されます。